Isolasi dan Identifikasi Bakteri
Hay temen-temen ketemu lagi de qt heee…
Kali ini aku bakalan sedikit berbagi ilmu tentang namanya isolasi dan identifikasi sesuai dengan judul..ok saatnya qt mulai,,!!
Mikroorganisme sangat erat kaitanya dengan kehidupan kita, ada beberapa diantaranya bermanfaat dan adapula yang merugikan. Mikroorganisme terdapat dimana-mana didalam lingkungan kita mereka ada pada tubuh kita, didalam tubuh kita, dan disekeliling kita. Mereka merupakan komponen penting dalam ekosistem. Dihabitat alamiahnya, mereka hidup dalam suatu komunitas yang terdiri dari berbagai jenis mokroorganisme, bersama spesies-spesies biologi lainnya. Didalam komunitas ini, satu spesies mikroba dapat mempengaruhi spesies lain dengan berbagai cara-cara beberapa bersifat menguntungkan beberapa merugikan ( Pelezar, 1988)
Salah satu contoh ialah bakteri ,..?
Na loh bakteri bukannya itu penyebab jerawat yang berukuran sangat kecil yang selalu bikin repot itu ya hehe…!
yes benar sekali tapi bakteri yang akan aku bahas disini ialah bakteri yang hidupnya di tanaman..
Apa sih bakteri..?
Bakteri adalah mikroorganisme prokaryotik yaitu organisme yang materi intinya tidak terbungkus oleh membran. Rata-rata bakteri berukuran antara 0.2 sampai 1.5 µm. Bakteri patogen tanaman berukuran panjang antara 0.6- 3.5 µm dan diameternya antara 0.5-1.0 µm.
Beberapa bakteri bergerak menggunakan flagella dan banyak juga yang tidak mempunyai flagella sehingga tidak dapat bergerak dengan aktif. Bakteri berkembang biak dengan membelah diri,bertunas. Untuk bertahan terhadap lingkungan yang tidak cocok bakteri dapat membentuk spora yang disebut endospora yang tahan terhadap panas, radiasi dan berbagai pengaruh kimia. Hampir semua bakteri mempunyai dinding sel yang berfungsi untuk melindungi isi sel dan memberi bentuk bakteri. Kebanyakan dinding sel bkteri mengandung polimer yang disebut Peptidoglikan. Bakteri ada yang gram negatif dan ada juga yang gram positip. Umumnya yang termasuk gram negatif adalah yang lapisan peptidoglikannya tipis. Contoh genera yang dapat membentuk endospora antara lain: Clostridium dan Bacillus.
Adapun bentuk-bentuk dan contoh bakteri,ialah :
Naa klao ini contoh gambar koloni tunggal..!!@@
Bakteri mudah ditemukan di air, udara dan tanah. Mereka hidup dalam suatu koloni, baik bersimbiose, bebas ataupun parasit pada makhluk hidup. Jumlah bakteri di alam sangat melimpah dengan keragaman yang sangat tinggi (Pelczar dan Chan, 2005). Untuk mempelajari kehidupan dan keragaman bakteri, diperlukan suatu usaha untuk mengembakbiakkan mereka dalam skala laboratorium. Pengembangbiakan ini dilakukan dengan menumbuhkan bakteri dari sumber isolat, seperti tanah, udara, sisa makanan, dll, dalam media yang mengandung nutrisi.
Dalam dunia mikrobiologi, dikenal beberapa istilah seperti inokulasi, kultur dan isolasi. Inokulasi adalah suatu usaha menumbuhkan mikroorganisme dari satu sumber ke media pertumbuhan steril. Biakan yang tumbuh disebut dengan kultur. Isolat adalah biakan murni dari mikroorgansime yang diharapkan berasal dari satu jenis, sedangkan isolasi adalah usaha untuk mendapatkan isolat.
Sumber isolasi → Inokulasi → Kultur/biakan → Isolasi → Isolat
Tahapan sederhana dalam mengidentifikasi bakteri, yaitu :
1. Menumbuhkan mikroorganisme dalam media sintetik cawan petri
2. Koloni yang tumbuh pada tahap 1 merupakan koloni campuran, sehingga perlu tahap
lanjut.
3. Koloni yang benar-benar terpisah dari suatu kultur campuran dikarakterisasi tipe
pertumbuhan (karakterisasi makroskopis) kemudian diisolasi murni pada media
miring (slant agar) dalam tabung reaksi.
4. Identifikasi dilanjutkan hingga tingkat mikroskopis berdasarkan sifat-sifat tertentu
yang tercantum dalam Bergey`s Manual of Determinative Bacteriology
Adapula isi postulat kohk,antara lain :
- mikroorganisme (parasit) harus ditemukan dalam tumbuhan yang sakit, tidak pada yang sehat.
- mikroorganisme harus diisolasi dari tumbuhan sakit dan dibiakkan dalam biakan murni.
- mikroorganisme yang dibiakankan harus menimbulkan penyakit pada tumbuhan yang sehat.
- mikroorganisme tersebut harus diisolasi ulang dari tumbuhan yang dicobakan tersebut
sekarang timbul pertanyaan, emang apa sih fungsi dari isi postulat kohk ini...?
Na fungsi dilakukan metode ini untuk mengetahui penyebab penyakit pada tumbuhan yang salah satunya disebabkan oleh bakteri sehingga kita dapat mengetahui jenis, bentuk, dan cara pengendaliannya Gitu hehe,,kita lanjut lagi ^^
Tanaman yang terserang bakteri biasanya memiliki ciri-ciri berlendir, bau,layu dan penyebarannya pun sangat cepat,..!!!
Gejala penyebab penyakit tumbuhan adalah perubahan yang ditunjukkan oleh tumbuhan itu sendiri sebagai akibat adanya serangan suatu.
Na ini dia gejala-gejala akibat serangan bakteri
1. Gall/fasciation (Crown gall): pertumbuhan abnormal karena peningkatan jumlah sel secara cepat, biasanya pada pangkal batang, leher akar atau akar
2. Layu bakteri; akibat serangan pada pembuluh kayu
3. Pelendiran-bakteri atau kebasahan pada kayu: karena adanya tekanan (gas) lalu keluar ke permukaan batang seperti pada tanaman elm
4. Busuk lunak: akibat serangan pada pada zat perekat antara sel-sel jaringan tanaman,sehingga zat tersebut mencair dan jaringan rusak serta berlendir
5. Busuk keras/firm rot: kerusakan jaringan pada daun, batang, buah,umbi dan lain-lain
6. Blight dan kanker: nekrosis yang bersifat khas pada daun, ranting, dahan, bunga dan buah.
Genera bakteri penyebab penyakit tanaman
1. Pseudomonas
Berbentuk batang lurus atau sedikit melengkung berukuran 0.5-1.0 x 1.5-4.0 µm. bergerak dengan satu atau beberapa flagella polar. merupakan genera yang paling banyak pathogen gejala yang ditimbulkannya: layu, kanker dan bercak. Gram negatif
Contoh penyakit yang disebabkan Pseudomonas: Penyakit layu bakteri pada pisang disebut juga penyakit moko, Penyebabnya Pseudomonas solanacearum. Menyebabkan daun tanaman layu
2. Xanthomonas
Bakteri berbentuk batang dengan diameter 0.4-1.0 µm dan panjang 1.0-3.0 µm Bergerak dengan flagella. Menyebabkan gejala hawar daun,kanker, busuk basah. Gram negatif. Contoh penyakit xanthomonas, Penyakit kresek padi.
3. Erwinia
berbentuk batang dengan diameter 0.5-1.0 µm dan panjang 1-3 µm. Termasuk gram negatif dan bergerak dengan banyak flagella.
4. Corynebacterium
bakteri ini berbentuk batang dengan diameter 0.5-0.9 µm dan panjang 1.5-4.0 µm, umumnya tidak bergerak tetapi beberapa ada juga yang bergerak dengan 1 atau 2 flagella, merupakan bakteri gram positip.
Contoh penyakit yang disebabkan corynespora, Kanker bakteri pada tomat. Gejala berupa bercak muncul pada daun sebagai bercak nekrosis demikian juga batang dan buah.
Patogennya adalah Corynebacterium michiganense, yang dapat bertahan selain pada sisa tanaman, permukaan tanah tetapi juga pada benih.
5. Agrobacterium
bakteri berbentuk batang dengan diameter 0.8 dan panjang 1.5-3.0 µm, bergerak dengan 1 sampai 4 flagella, menyebab puru, berdinding sel dan termasuk gram negatif.
Contoh penyakit yang disebabkan corynebacterium, Penyakit puru pada tanaman berkayu
Penyakit diawali gejala tumor, atu puru dengan berbagai ukuran. Pertumbuhan sedikit berlebihan pada batang atau akar. Patogennya Agrobacterium tumefaciens. Menginfeksi tanaman melalui luka di dekat permuakan tanah.
6. Streptomyces
bakteri berbentuk benang tanpa sekat dengan diameter 0.5 -2.0 µm. Mudah dibedakan dengan bakteri lainnya karena miseliumnya yang bercabang dan karena rantai sporanya yang membentuk spiral, termasuk gram positip.
Contoh penyakit yang disebabkan Streptomyces, Penyakit skabies pada kentang. Gejala terlihat pada umb berupa bintik-bintik coklat yang agak cembung yang selanjutnya menyatu membetuk seperti koreng atau kudis. Patogennya adalah Streptomyces scabies.
Na Klao kita sudah dapat sempel maka hal yang harus dilakukan adalah melihat gejalanya, jangan juga mengambil sempel dengan gejala awal dan jangan mengambil gejala yang terlalu parah karena sudah ada patogen sekundernya.
Lalu bisa dilakukan identifikasi yang terdiri dari :
1. mengambil gejala sedang
2. mengambil gejala yang ada ditetangga atau disebelah lahan tanaman yang terserang penyakit
3. carilah tanaman yang hanya mempunya gejala utama lalu lakukan uji postulat kohk.
Media pertumbuhan bakteri sangat beragam, mulai dari media selektif, media penyubur, media diferensial, dll. Masing-masing media memiliki fungsi berbeda dan digunakan.
Berikut adalah syarat yang harus dipenuhi media :
a. Mengandung nutrisi yang dibutuhkan oleh mikroorganisme yang sedang
dikembangkan.
b. Memiliki kelembaban optimum bagi pertumbuhan mikroorganisme.
c. Mengandung oksigen (kultur bakteri aerob) dan pH yang sesuai.
d. Harus bebas dari mikroba lain dan steril
Ada 3 jenis media pengembangbiakan berdasarkan konsistensinya, antara lain :
a. Media padat, yaitu media berbentuk padat yang mengandung agar 1-1.5%, misalnya
nutrien agar
b. Media cair, yaitu media berbentuk cair yang tidak mengandung agar, misalnya nutrien
broth.
c. Media semi padat, yaitu media yang berbentuk padat pada suhu dingin, dan berbentuk
cir bila suhu panas, misalnya media SIM (media yang digunakan untuk uji produksi
sulfur, indol, motilitas)
Yuuuk kita lakukan Isolasi Mikroba hehe..(^_^)
Ini beberapa metodenya, yaitu :
1. Metode cawan gores (streak plate)
Metode cawan gores cukup sulit bagi pemula, terutama mahasiswa semester awal yang baru mengambil mata praktikum mikrobiologi. Kesulitan dari metode ini, yaitu proses penggoresan yang cukup lama dan sulit, sehingga memudahkan terjadinya kontaminasi dan kegagalan. Prinsip metode ini, yaitu mendapatkan koloni yang benar-benar terpisah dari koloni yang lain, sehingga mempermudah proses isolasi.
Cara ini dilakukan dengan membagi cawan petri menjadi 3-4 bagian. Ose steril yang telah disiapkan dilekatkan pada sumber isolat, kemudian menggoreskan ose tersebut pada cawan berisi media steril. Goresan dapat dilakukan 3-4 kali membentuk garis horisontal di satu sisi cawan. Ose disterilkan lagi dengan api bunsen, setelah kering ose tersebut digunakAn untuk menggores goresan sebelumnya pada sisi cawan kedua.
Langkah ini dilanjutkan hingga keempat sisi cawan tergores.
Pada metode ini, goresan di sisi pertama diharapkan koloni tumbuh padat dan berhimpitan, sedangkan pada goresan sisi kedua, koloni mulai tampak jarang dan begitu pula selanjutnya, sehingga didapatkan koloni yang tampak tumbuh terpisah dengan koloni lain. Seluruh tahap hendaknya dilakukan secara aseptik agar tak terjadi kontaminasi.
1.1 Goresan Sinambung
Cara kerja :
Sentuhkan inokulum loop pada koloni dan gores secara kontinyu sampai setengah permukaan agar. Jangan pijarkan loop, lalu putar cawan 180oC lanjutkan goresan sampai habis. Goresan sinambung umumnya digunakan bukan untuk mendapatkan koloni tunggal, melainkan untuk peremajaan ke cawan atau medium baru.
1.2 Goresan T
Cara kerja :
· Bagi cawan menjadi 3 bagian menggunakan spidol marker
· Inokulasi daerah 1 dengan streak zig-zag
· Panaskan jarum inokulan dan tunggu dingin, kemudian lanjutkan streak zig-zag pada daerah 2 (streak pada gambar). Cawan diputar untuk memperoleh goresan yang sempurna
· Lakukan hal yang sama pada daerah 3
1.3 Goresan Kuadran (Streak quadrant)
Cara kerja :
Hampir sama dengan goresan T, namun berpola goresan yang berbeda yaitu dibagi empat. Daerah 1 merupakan goresan awal sehingga masih mengandung banyak sel mikroorganisma.Goresan selanjutnya dipotongkan atau disilangkan dari goresan pertama sehingga jumlah semakin sedikit dan akhirnya terpisah-pisah menjadi koloni tunggal.
2. Metode cawan tuang (pour plate)
Metode cawan tuang sangat mudah dilakukan karena tidak membutuhkan keterampilan khusus dengan hasil biakan yang cukup baik. Metode ini dilakukan dengan mengencerkan sumber isolat yang telah diketahui beratnya ke dalam 9 ml garam fisiologis (NaCl 0.85%) atau larutan buffer fosfat. Larutan ini berperan sebagi penyangga pH agar sel bakteri tidak rusak akibat menurunnya pH lingkungan. Pengenceran dapat dilakukan beberapa kali agar biakan yang didapatkan tidak terlalu padat atau memenuhu cawan (biakan terlalu padat akan mengganggu pengamatan).
Sekitar 1 ml suspensi dituang ke dalam cawan petri steril, dilanjutkan dengan menuangkan media penyubur (nutrien agar) steril hangat (40-50oC) kemudian ditutup rapat dan diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari.
Penuangan dilakukan secara aseptik atau dalam kondisi steril agar tidak terjdi kontaminasi atau tumbuh atau masuknya organisme yang tidak diinginkan (di laboratorium, kontaminasi biasanya terjadi akibat tumbuhnya kapang, seperti Penicilium dalam biakan). Media yang dituang hendaknya tidak terlalu panas, karena selain mengganggu proses penuangan (media panas sebabkan tangan jadi panas juga), media panas masih mengeluarkan uap yang akan menempel pada cawan penutup, sehingga mengganggu proses pengamatan. pada metode ini, koloni akan tumbuh di dalam media agar. Kultur diletakkan terbalik, dimasukkan di dalam plastik dengan diikat kuat kemudian diletakkan dalam inkubator
3. Metode cawan sebar (spread plate)
Pada metode cawan sebar, 0.1 ml suspensi bakteri yang telah diencerkan (metode 3) disebar pada media penyubur steril yang telah disiapkan. Selanjutnya, suspensi dalam cawan diratakan dengan batang drygalski agar koloni tumbuh merata pada media dalam cawan tersebut, kemudian diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari. Metode ini cukup sulit terutama saat meratakan suspensi dengan batang drygalski. Alih-alih koloni tumbuh merata, biakan justru terkontaminasi. Oleh karena itu, batang drygalski harus benar-benar steril, yaitu dengan mencelupkannya terlebih dahulu dalam alkohol kemudian dipanaskan dengan api bunsen. Perlu diingat, batang drygalski, yang masih panas akibat pemanasan dengan api bunsen, dapat merusak media agar, sehingga harus didinginkan terlebih dahulu dengan meletakkannya di sekitar api bunsen (±15 cm).
Dengan metode ini, satu sel bakteri akan tumbuh dan berkembang menjadi satu koloni bakteri. Satu koloni bakteri yang terpisah dengan koloni lainnya dapat diamati tipe pertumbuhan pada masing-masing media, diantaranya dilakukan terhadap konsistensi, bentuk koloni, warna koloni dan permukaan koloni.
Koloni yang tumbuh terpisah ditumbuhkan kembali untuk mendapatkan isolat murni. Isolasi murni dilakukan dengan mengoleskan ose steril pada koloni dalam kultur campuran yang benar-benar terpisah satu sama lain. Olesan tersebut digores pada media padat agar miring dalam tabung reaksi.
Koloni yang tumbuh dalam media ini merupakan isolat murni, yang hanya berasal dari satu jenis bakteri saja. Koloni yang tumbuh dapat dikarakerisasi berdasarkan tipe pertumbuhannya pada media agar miring.
Selanjutnya,..ini dia beda antara isolasi bakteri dari sample tanah dan jamur dari sample tanah ,,Mau tahu baca donk hehe..(^_^)
a. Isolasi Bakteri dar Sampel Tanah
Cara Kerja Isolasi Bakteri dari Sampel Tanah :
· Tanah seberat 1 g dimasukan ke dalam tabung pengenceran 10-1 secara aseptis dan
selanjutnya dilakukan pengenceran bertingkat sampai 10-8
· Tiga pengenceran terakhir diambil 0,1 ml untuk ditanam secara spread plate pada
medium NA, setelah selesai, diinkubasi pada 37oC selama 1x24 jam
· Koloni akan tumbuh pada ketiga cawan tersebut kemudian dipilih koloni yang relatif
terpisah dari koloni lain dan koloni yang mudah dikenali
· Koloni yang terpilih kemudian ditumbuhkan atau dimurnikan ke NA baru dengan teknik
streak kuadran
· Inkubasi 1x24 jam.
b. Isolasi Jamur dari Sampel Tanah
Cara Kerja Isolasi Jamur dari Tanah :
- Tanah dalam cawan petri dipanaskan dengan oven pada suhu 80oC selama 30 menit dengan cawan petri untuk membunuh sel vegetatiftetap bertahan
- Tanah yang telah dioven diambil 1 g kemudian dimasukan ke dalam tabung pengenceran bertingkat
- Tiga pengenceran terakhir diambil untuk ditanama secara spread plate ke media PDA yang ditambah streptomycin atau penicillin. Kemudian diinkubnasi pada suhu ruang 5-7 hari
- Koloni jamur yang tumbuh dimurnikan dan ditanam pada medium PDA baru, Inkubasi pada suhu ruang 5-7 hari.
DAFTAR PUSTAKA
Pelezer, Michael. 2006. Mikrobiologi Dasar. Universitas Indonesia Press : Jakarta
Saputro D. 1988. Dasar-dasar Mikrobiologi. Cetakan ke – 10. Jakarta : Universitas Indonesia ( IU-Press ).
Demikianlah penjelasan dari saya,,mohon masukkannya apabila banyak kesalahan disana-sini karena saya hanya punya sedikit ilmu yang tidaklah seberapa dibandingkan kalian...thanks buat yang dah baca semoga bermanfaat..(^_^)
Luck is a matter of preparation meeting opportunity... (Oprah Winfrey)